Sau khi sáp nhập với huyện Cao Hùng, Cao Hùng hiện có 38 khu (區). Mỗi khu lại được chia thành các lý (里), và được chia tiếp thành các lân (鄰). Chính phủ Trung ương Đài Loan công nhận hệ thống bính âm Hán ngữ làm chuẩn để phiên âm Latinh tương tự như tại Trung Quốc đại lục, còn chính quyền Cao Hùng, vốn do đảng Dân Tiến nắm quyền, lấy phương pháp bính âm thông dụng làm chuẩn phiên âm.

Hai hòn đảo tại biển Đông do thành phố Cao Hùng quản lý được giao cho khu Kỳ Tân quản lý:

• Đảo Ba Bình (giản thể: 太平岛; phồn thể: 太平島; bính âm: Tàipíng dǎo)
• Quần đảo Đông Sa (giản thể: 东沙群岛; phồn thể: 東沙群島; bính âm: Dōngshā Qúndǎo)